Las alteraciones neuronales y cerebrales de la esquizofrenia posiblemente dependen de varios factores relacionados con el neurodesarrollo y la neurodegeneración. Se ha descrito una mayor densidad neuronal en áreas de la corteza prefrontal en sujetos con esquizofrenia posiblemente debida a una poda neuronal temprana anormal. Sin embargo tales densidades neuronales se acompañan de una pobre arborización neuronal (reducción de neurópilos). En otras palabras, muchas neuronas, pero pocas comunicaciones entre ellas. Estas alteraciones en la poda sináptica han sido usadas com explicación del inicio latente de la enfermedad, mencionándose que permiten compensar inicialmente las deficiencias en la señalización exitatoria o inhibitoria que se hacen aparentes una vez se da la poda definitiva en la pubertad.