Los antidepresivos han sido clasificados de múltiples maneras: por sus estructuras moleculares (p.ej. Antidepresivos tricíclicos), por sus mecanismos de acción (ISRS - ISRN = inhibidores selectivos de la recaptación de serotonina o de noradrenalina o IMAOs = inhibidores de la monoaminoxidasa) o por su aparición histórica (antidepresivos de segunda generación como los duales o los de mecanimos que involucran unión a receptores). Aún no está claro si estas definiciones facilitan la selección de un antidepresivo de acuerdo a las necesidades de cada paciente, pero diferentes estudios apoyan la percepción de que los antidepresivos que modulan más de un sistema de neurotransmisión monoaminérgica son superiores en ciertos tipos de depresión (como la melancólica o la depresión severa). Al mismo tiempo, la afinidad por las diferentes proteínas transportadoras se ha traducido también en perfiles diversos de eventos adversos, siendo los serotoninérgicos puros los que más se asocian a eventos sexuales o gastrointestinales y los noradrenérgicos a eventos cardiovasculares. Obviamente, más que la disponibilidad de estos neurotransmisores en el espacio sináptico, los antidepresivos que actúan directamente bloqueando ciertos receptores suelen tener mayores eventos adversos (como los tricíclicos o la mirtazapina por su unión a r. H1).